Riigikontroll on aastaid kritiseerinud Eesti tegevuspõhist eelarvet, mis ei anna täit selgust riigi raha kasutamise kohta, ning soovitab senisest mudelist loobuda. Rahandusminister Mart Võrklaev riigikontrolli kriitikaga ei nõustu.

Riigikontrolör Janar Holm iseloomustab praegust tegevuspõhist riigieelarvet sõnadega topeltraamatupidamine. Iga ministeerium teab täpselt, kui palju ja milleks tal raha on, aga riigieelarvest seda välja lugeda ei ole võimalik, sest seda koostades on ministeeriumide eelarveread segi löödud.