Alates 2005. aastast tegutseb EML nõukoda. Nõukoda on eri valdkondade teadlastest, praktikutest ja asja­tundjatest koosnev nõuandev kogu, mille eesmärk on abistada ning nõustada juhatust ja töötajaid liidu tegevuse olulistes küsimustes. Nõukoda nimetatakse ametisse juhatuse volituste ajaks.

29.

märtsil 2007 valitud uus juhatus nimetas ametisse nõukoja uue koosseisu, kuhu kuuluvad:Maksu- ja Tolliameti peadirektor Enriko Aav IMG Numeri OÜ juhataja Inga Kalda AS Dimela juhataja Kadri Kullmann AS PricewaterhouseCoopers maksuosakonna juhataja ja IFA-Eesti juhatuse liige Aare KuristIMG Advokaa­dibüroo juhataja Kaspar Lind OÜ Vallaste ja Partnerid juhatuse liige, Eesti Raamatupidajate Kogu nõukoja liige, Raamatupidamise toimkonna liige Anne Nuut Rahandusministeeriumi maksupoliitika osakonna riikidevaheliste maksulepingute talituse juhataja ja nädalaajakirja "Tax Notes International" Eesti kor­respondent Helen Pahapill Sisekaitseakadeemia majanduse ja rahanduse õppetooli juhataja-lektor Indrek SaarErnst & Young Baltic AS juhtiv maksukonsultant Ranno Tingas OÜ Kardis juhatuse liige majandusteaduse doktor Vladimir Vaingort