Riigikogu võttis 08.02.2007 vastu käibemaksuseaduse muudatused, mis jõustuvad kolmes järgus, tagasiulatuvalt 2006. a 1. juulil, selle aasta 1. märtsil ning 2008.

a 1. jaanuaril.

1. märtsist alates ei pea arvetele enam märkima ilmtingimata viiteid direktiivi või käibemaksuseaduse sätetele, vaid piisab ka sellest, kui arvel on muu selge ja üheselt mõistetav märge. Nii näiteks võib juhul, kui rakendatakse teenusele 0% maksumäära ning tehingu teisel poolel tekib pöördmaksustamise kohustus, märkidagi arvele „pöördmaks“.

Lisaks tunnistatakse kehtetuks KMS § 15 lg 2 p 3, mille tulemusena hakkab senise 5% maksumäära asemel keemilistele kahjuritõrjevahenditele kohalduma 18% maksumäär. Tagasiulatuvalt muudetakse KMS § 50 lg 3 ja 4 (tunnistatakse kehtetuks). Nimetatud sätete kehtetuks tunnistamise põhjuseks on elektrooniliselt osutatava teenuse käibemaksuga maksustamise erikorra rakendamise tagasiulatuv võimaldamine. Kuna KMS § 43 oli tähtajaline norm (KMS § 50 lg 4 kohaselt kehtis kuni 30.06.2006), siis kuni 28.02.2007 ei olnud sisuliselt alust KMS § 43 kohaldamiseks.

Seaduseelnõu seletuskirjas märgitakse, et „Direktiivis 2006/58/EÜ muudetakse nimetatud teenuste ja erikorra sätete kehtivusaega poliitilise kokkuleppe tulemusena küll tähtajaliselt 01.07.2006 kuni 31.12.2006, kuid EL Nõukogu maksutöögrupis on väljendatud ühtset arusaama, et enne direktiivi 2002/38/EÜ kehtinud maksustamiskorra juurde tagasi ei pöörduta. Seetõttu on ülimalt tõenäoline, et direktiivis 2006/58/EÜ kehtestatud kohaldamisaega käesoleva aasta lõpus jälle pikendatakse ja seda kuni maksutöögrupp suudab lähiaastatel kokku leppida nende teenuste uutes maksustamisreeglites. Käibemaksuseaduse järjekordse muutmise asemel on otstarbekas kehtestada elektrooniliselt osutavate teenuste säte ja e-teenuste maksustamise erikord tähtajatuna.“ Oluline muudatus, mis jõustub 01.01.2008 puudutab kauba impordi käibemaksuarvestuse põhimõtete muutmist. Teatud juhtudel hakkab käibemaksuarvestus toimuma üksnes käibedeklaratsioonipõhiselt ning reaalselt tollile enam käibemaksu tasuma ei pea.

Korra rakendamine on vabatahtlik, rakendamisest tuleb maksuhaldurit eelnevalt teavitada. Lisaks peavad olema täidetud järgmised tingimused: 1) maksukohustuslane on olnud registreeritud järjestikku vähemalt 12 kuud enne sellise tollideklaratsiooni esitamist, mille alusel imporditavalt kaubalt arvestatud käibemaksu käibedeklaratsioonis deklareeritakse; 2) maksukohustuslase tollideklaratsiooni esitamisele eelneva 12 kuu kogukäibest on nullprotsendise käibemaksumääraga maksustatav käive moodustanud vähemalt 50 protsenti; 3) maksukohustuslane on 12 kuu jooksul enne tollideklaratsiooni esitamist esitanud maksudeklaratsioone üksnes elektrooniliselt; 4) maksukohustuslasel ei ole tollideklaratsiooni esitamise ajaks tähtaegselt esitamata maksudeklaratsioone; 5) maksukohustuslasel ei olnud enne esimese tollideklaratsiooni esitamist 12 kuu jooksul ega järgmiste tollideklaratsioonide esitamise ajal maksuvõlga. Kui käibemaksukohustuslane impordib põhivara, siis peavad olema täidetud üksnes punktid 4-5, kuid sellisel juhul peab ta maksuhaldurile esitama viimase nõudmisel tagatise. Seaduseelnõu seletuskirjas märgitakse, et „Seatud tingimused lähtuvad põhimõttest, et impordi käibemaksu käibedeklaratsioonis arvestamise õiguse saavad eelkõige püsiva majandustegevusega tootmisettevõtted, kes suurema osa oma toodangust ekspordivad (sh müüvad teistesse EL liikmesriikidesse).

Püsiva tegevuse ja ekspordikäibega ettevõtted impordivad enamasti regulaarselt ka kaupa. Eksportival ettevõttel tekib impordi käibemaksust oluline koormus, kuna tema maksukohustus on nullmääraga käibe tõttu enamasti väike või puudub, mistõttu ettevõtja ei saa sisendkäibemaksu oma käibedeklaratsioonis arvestatud käibemaksust maha arvata, vaid saab riigile enammakstud käibemaksu tagasi läbi tagastamismenetluse, mis võtab kauem aega. Impordi käibemaksu käibedeklaratsioonis arvestamisega ei pruugi sellistel ettevõtetel enam reaalset käibemaksu tasumise kohustust tekkida.“ Käibemaksuseaduse muutmise seadus on avaldatud RT I 2007, 17, 83.