29. aprillil avalikustas Riigikohtu halduskolleegium otsuse kohtuasjas nr 3-3-1-92-08.

Enne 1. maid 2004 kehtinud käibemaksuseaduses oli ette nähtud kinnisvara soetamisel maha arvatud sisendkäibemaksu viieaastane korrigeerimise periood. Kui kinnisasi võõrandati maksuvabalt või hakati kasutama maksuvaba käibe tarbeks enne viieaastase perioodi lõppu, siis pidi maksukohustuslane osa varem maha arvatud sisendkäibemaksust riigile tagasi maksma.

Alates 1. maist 2004 kehtiva käibemaksuseaduse § 32 lg 4 kohaselt on korrigeerimisperiood kinnisasja puhul kümme aastat. Käibemaksuseaduse üleminekusätte (§ 46 lg 5) kohaselt pikeneb enne 1. maid 2004 soetatud kinnisasja sisendkäibemaksu ümberarvestamise periood kümne kalendriaastani.

Riigikohus leidis, et see üleminekusäte võib olla vastuolus õiguspärase ootuse põhimõttega, sest halvendab nende ettevõtjate olukorda, kes soetasid kinnisvara arvestusega, et ümberarvestuse periood kestab viis aastat. Konkreetses kohtuasjas aga ei algatatud põhiseaduslikkuse järelevalve menetlust põhjusel, et maksumaksja oli käitunud õigusvastaselt, sest ta ei teinud kinnisasja maksuvabalt võõrandades üldse käibemaksu ümberarvestust ei vana ega uue seaduse kohaselt. Otsuse teksti vt siit 6. mail avalikustas Riigikohtu halduskolleegium otsuse kohtuasjas nr 3-3-1-18-09. Käibemaksuseaduse § 16 lg 3 p 3 kohaselt ei kohaldata maksuvabastust ehitisele või ehitise osale ehitusseaduse tähenduses ja selle alusele maale, mis võõrandatakse enne ehitise esmast kasutuselevõttu.

Alates 1. jaanuarist 2006 kehtib täiendus, mille kohaselt maksustatakse käibemaksuga ka kinnisasja, mille oluline osa on oluliselt parendatud ehitis või selle osa ning mis võõrandatakse enne ehitise või selle osa parendamisele järgnevat taaskasutuselevõttu. Ehitis või selle osa on oluliselt parendatud, kui parendustega seotud kulutused ületavad vähemalt 10 protsenti ehitise või selle osa soetusmaksumust enne parendamist. Vaidlust puudutab mõistet “esmane kasutuselevõtt”.

Osaühing müüs kortereid hoones, mis varem oli kasutusel ülikooli õppehoonena. Maksuhalduri arvates oleks tulnud kõikide korterite müük maksustada käibemaksuga, sest hoone oli jagatud korteriomanditeks ning tegemist on uute kinnisasjadega, mis võõrandati enne korterite esmast kasutuselevõttu eluruumina. Riigikohus selgitas, et esmane kasutuselevõtt saab toimuda vaid uusehitise puhul. Kui olemasolevat hoonet parendatakse või muudetakse selle kasutusotstarvet, siis saab hoone või osa müüki käibemaksuga maksustada ainult siis, kui see vastab oluliselt parendatud ehitise tunnustele ning käive toimub pärast 1.

jaanuari 2006. Kui varem kasutuses olnud hoonele ehitatakse juurdeehitus ning võõrandatakse see muust hoonest eraldi (nt lisakorrusel asuvad korterid), siis on tegemist uue ehitise osa võõrandamisega enne esmast kasutuselevõttu, mis on käibemaksuga maksustatav. Otsuse teksti vt siit